เรื่องย่อ อุซึมากิ นารุโตะ เด็กชายเจ้าปัญาหาแห่งหมู่บ้านโคโนะฮะ เมื่อ 12 ปีก่อน โฮคาเงะรุ่นที่ 4 ได้ผนึกร่างของจิ้งจอกเก้าหางที่อาวะวาดทำลายหมู่บ้านไว้ในร่างของนารุโตะที่ยังเป็นทารกแรกเกิด นารุโตะจึงเติบโตมาโดยเป็นที่หวาดเกรงและรังเกียจจากคนในหมู่บ้าน ถึงจะหัวช้า มุทะลุ โดนดูถูกมากมาย แต่นารุโตะก็มีความใฝ่ฝันว่าจะเป็นโฮคาเงะให้ได้
หลังจากจบการศึกษาจากโรงเรียนฝึกนินจาแล้ว นารุโตะได้เลื่อนขั้นเป็นเกะนิน และได้ร่วมเป็นสมาชิกทีม 7 โดยมีเพื่อนร่วมทีมคือ อุจิวะ ซาสึเกะ หนุ่มหัวดี เงียบขรึม ที่นารุโตะสุดจะเหม็นขี้หน้า กับ ฮารุโนะ ซากุระ ที่นารุโตะแอบปิ๊งอยู่ (ซึ่งเจ้าตัวดันไม่สนใจนารุโตะแล้วหลงรักซาสึเกะหัวปักหัวปำอีกต่างหาก) โดยมี ฮาตาเกะ คาคาชิ โจนินชั้นแนวหน้าของหมู่บ้านเป็นอาจารย์ผู้นำทีม เข้าปฏิบัติภารกิจเพื่อฝึกปรือฝีมือตัวเองให้เก่งยิ่งๆ ขึ้นไป
ในการสอบเลื่อนขั้นเป็นจูนิน นารุโตะที่ทำท่าจะสอบไม่รอดตั้งแต่ด่านข้อเขียน ก็สอบผ่านมาได้อย่างหวุดหวิดจนถึงรอบประลองตัวต่อตัว นารุโตะเอาชนะได้ทั้งคิบะและเนจิอย่างไม่น่าเชื่อ แต่ในระหว่างการสอบ หมู่บ้านโคโนะฮะก็ถูกจู่โจมด้วยฝีมือของโอโรจิมารุ จนโฮคาเงะรุ่นที่ 3 ต้องสละชีพเพื่อหยุดยั้งโอโรจิมารุ ส่วนนารุโตะก็ต่อสู้กับกาอาระแห่งทะเลทรายจนชนะ และเป็นที่ยอมรับของเพื่อนพ้องเกะนินมากขึ้น
ต่อมา นารุโตะได้พบกับ จิไรยะ ตาเซียนกบจ๊กมก จิไรยะถูกใจนารุโตะจึงช่วยสอนวิชาให้และพากันออกเดินทางตามหา ซึนาเดะ เพื่อเชิญกลับมาเป็นโฮคาเงะรุ่น ที่ 5 ในขณะเดียวกันกับที่ ซึนาเดะถูกโอโรจิมารุยื่นข้อเสนอคืนชีพคนที่รักแลกกับการรักษาตัวโอโรจิมารุ การพบกันอีกครั้งของสามนินจาในตำนานจึงได้เกิดการต่อสู้กัน สุดท้ายซึนาเดะก็เข้ารับตำแหน่งโฮคาเงะรุ่นที่ 5
หลังจากการสอบจูนิน ซาสึเกะ ที่ต้องการฆ่าพี่ชายแท้ๆ เพื่อล้างแค้นให้กับตระกูล ได้ถอนตัวจากหมู่บ้านเพื่อตามหาความแข็งแกร่งที่แท้จริง นารุโตะได้อาสาตามตัวซาซึเกะกลับมายังหมู่บ้าน ซึ่งเมื่อทั้งคู่ได้เจอกันเกิดการต่อสู้กันขึ้น นารุโตะพ่ายแพ้ ซาสึเกะไปเข้าร่วมกับโอโรจิมารุ เมื่อนารุโตะฟื้นขึ้นมาก็ได้ออกไปฝึกวิชากับจิไรยะ ส่วนซากุระก็ไปฝึกวิชาการรักษากับซึนาเดะ นินจาคนอื่นภายในหมู่บ้านต่างก็ปฏิบัติหน้าที่ของตนและฝึกปรือฝีมือต่อไป เพื่อเตรียมรับมือกับศึกใหญ่ที่จะเกิดขึ้นกับหมู่บ้านต่อไปในอนาคต
